Ganapatya adalah aliran agama Hindu yang memuja Ganesha atau Ganapati sebagai Saguna Brahman. Pemujaan terhadap Ganesha ini dianggap sebagai tambahan bagi pemujaan bagi dewata lain. Penganut agama Hindu dari semua aliran akan memulakan pemujaan, usaha-usaha penting dan upacara keagamaan dengan menyeru kepada Ganesha.
Pemujaan pañcāyatana yang diperkenalkan oleh Śaṅkarācārya menyeru lima dewata iaitu Ganesha, Vishnu, Siva, Dewi dan Surya. Ganapatya ini merupakan salah satu daripada aliran agama Hindu utama selain daripada Saiva, Vaishnava, Sakti dan Samrti yang mengikut falsafah Advaita. Walaupun aliran ini kecil sahaja namun pengaruhnya tidak kurang besar juga.
Ganapati dipuja sebagai sebahagian daripada aliran Saiva sejak abad ke-5 M lagi. Aliran Ganapati ini kemungkinannya muncul sekitar abad ke-6 atau ke-9 M. Ia disebutkan sebagai salah satu aliran yang tersendiri dalam Sankara Digvijaya oleh Sri Anandigiri. Ia mencapai kemajuan dalam abad ke-10 M. Banyaklah pura atau kuil dibina untuk dewa Ganesha. Contohnya di Tamil Nadu sahaja, ada Pura Ucchi Pillayar atau Pura Jaluran Dinding Seribu Tiang di Kubu Batu Tiruchirapalli. Dewa Ganesha dipuja sebagai Parabrahma di situ. Sebagai dewata utama, baginda dikenali sebagai Parameswara.
Seterusnya, aliran ini dipopularkan lagi oleh Sri Morya Gosavi. Menurut satu sumber, beliau menemui berhala Ganapati yang semulajadi lalu membina Pura Morgaon di Pune, dalam abad ke-14 M. Menurut sumber lain, beliau mengalami impian melihat Ganapati di pura Morgaon lalu disemadhikan hidup-hidup pada 1651 di pura Ganesha di tempat kelahirannya di Cinchwad.
Selepas itu, aliran Ganapatya ini menjadi terkenal antara abad ke-17 dan ke-19 M di negeri Maharashtra di barat India. Cinchwad menjadi pusat pemujaan dan terkenal dalam kalangan orang Hindu berkasta Triwangsa yang berbahasa Marathi dari negeri Maharashtra. Penganut berbakti akan mengembara berdharmayatra antara Cinchwad dan Morgaon. Lambang aliran ini antaranya adalah titik merah di dahi dan muka gajah dengan gading di bahunya.
